ここでは聖母教会の最高機密である『裏教会』についての説明をします。
裏教会の目的は科学魔道技術の管理と封印です。彼らはかつての科学魔道時代の過ちを繰り返さないために、人々は科学に頼るのではなく、人間自身の力で未来を切り開いてゆくべきだと考えています。そのため、人々の目に発掘品が触れないようにしたり、遺跡の封印を行ったりしているのです。
また、彼らは表教会と同様に、変異の拡散を防ぐために戦っています。この顕著な例が聖母アリアとその娘たちによる中央都市の封印です。中央都市には霊子機関や霊子物質が集中していたため、過去はもとより現在に至ってもなお変異源として機能しているのです。アリアが現在のユナスフィール教国を中心に活動していたのも偶然ではありません。聖母アリア教会の真下には世界でも最大級の中央都市が沈んでおり、その封印を行いながら布教活動を続けていたのです。しかし、アリアの力をもってしても、封印と布教を両立させることは難しく、彼女は娘ユナスに人々を託して封印儀式に集中することとなったのです。しかし、原因はわからないのですが、後にその封印が弱まってきたため、最後の娘ユナスもまたアリアとともに封印の儀式に入ることになりました。(余談ですが、裏教会のメンバーはアリアたちが生存していることを知っているため、彼女たちをさして『千年の乙女』と呼んでいます。これは裏教会だけの隠語であり、一般社会や表教会ではまったく通じません。)裏教会は再び封印が弱まることを恐れ、アリアと12人の使徒が封印した都市の上に、それに対応するアリアや使徒たちを祀る教会を作り上げました。そして人々の祈りによって生じる霊子エネルギーを封印の儀式に利用するため、教会の敷地一帯に魔術儀式を施したのでした。祈りに用いられる『聖言』(神聖語)は呪文とすりかえられ、魔力を集めやすい形状である『円十字』(アンク)を聖印として定め、偶像崇拝の対象として用いたのです。こうして人々は知らずのうちに教会の地下にある中央都市の封印儀式に参加することとなり、現在の平和が維持されているのです。しかし、近年になって教会の勢力が衰えたことで、いずれこの封印が弱まるのではないかと考えられており、裏教会の上層部では新たなる対応策を検討しています。
(追記)
聖母教会がこれほどまでの勢力を誇る組織になり得たのは、ひとえにこの裏教会の存在があったからです。彼らの強さの秘密は、ほぼタイムラグなしで行われる情報伝達です。他の組織と比べてけた違いに術法師を抱えているため、このようなことが可能となります。もちろん、これはエルモア全域に広がっているスパイ網があってこそです。
この時代は、現在以上に情報が重要です。これは現実の話ですが、たとえば戦争でも昔は同士討ちというのが多く、そのために中世ヨーロッパでは紋章学というものが発達したくらいです。逆に敵側の通信士や伝令係にスパイがいたとしたら、どのような計略も可能となります。これは戦争だけに限らず、情報をいち早く知りそれを操作することは、政治や経済など様々な場面で優位に立つことができるのです。エルモア地方で即時通信が可能になるまで、このような事態は続くことでしょう。
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